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腎臓の機能を担っている最小（顕微鏡レベル）の構造物はネフロンと呼ばれ、そこで血液がろ過され、尿が作られます。1個の腎臓に約100万個のネフロンがあります。それぞれのネフロンは、1つの糸球体をおわん状の薄い壁の構造物（ボーマン嚢）が取り囲んだ構造をしています。さらに、ボーマン嚢内の空間（ボーマン腔）から水分（この後すぐに尿になります）を排出する細い管（尿細管）もネフロンの一部です。尿細管は、近位曲尿細管、ヘンレ係蹄（けいてい）、遠位曲尿細管と呼ばれる3つの部分が連結する形で構成されています。ネフロンを構成する3番目の部分は、複数の尿細管から排出される液体が集められる集合管です。この液体が集合管を通過したら、尿とみなされます。